根據測土和作物種植，給農民開施肥配方是測土配肥的第二個環節，不能開出科學有效的施肥配方，科學測土配肥失去了測土的目的和意義。科學施肥配方應考慮以下十個因素。
1.作物的營養需求
科學配方要符合作物的營養需求曲線。由于不同作物品種有不同的營養需求曲線，所以要綜合考慮作物種類，不同品種、不同生育期的需肥特征進行推薦施肥。
2.作物的營養吸收能力、特征與調節技術
作物的吸收能力與作物品種和作物生物調節技術及土壤環境條件有關，不同的作物品種、不同的生物調節技術可以構成不同的作物營養吸收能力。另外，不同作物吸收營養的方式、特征不同，如根的深度、分布不同，對施肥要求也不同。在測土配肥中不能單純的推算出一個數值，此外還要綜合考慮植物吸收特性產生的影響。
3.土壤的營養含量
科學測土配肥就是準確測試具體地塊土壤基礎養分含量，根據作物目標產量所需要的養分含量，估算出作物所需養分補充量，再結合當地各種實際影響因素確定合理有效的施肥比例、施肥量和施肥方法。
4.土壤的保肥、釋肥特征
科學配方要符合作物的土壤保肥、釋肥特征。土壤保肥性是指土壤能夠對養分的吸收（包括物理、化學和生物吸收）和保蓄能力。肥料要發揮作用，首先要求土壤對其有保存作用，然后是要有一個好的釋放性能，才能保證作物的吸收量。然而，不同的土壤有不同的保肥釋肥性，因此在配方施肥中一定要認真考察分析改善土壤保肥釋肥性能以提高肥效。
5.肥料的營養含量、質量和性價比
科學配方要根據具體的肥料質量、營養含量和性價比來進行，目的是讓農戶降低成本和增產增收。
6.肥料的流失特征
科學配方要考慮肥料在環境、土壤中的自然流失曲線和不同肥料摻混后的化學反應流失。不同肥料的化學穩定性不同，化學氮肥施入土壤后，植物對氮的吸收率一般僅為30%~50%，而且不同作物及同一作物不同品種之間，都有明顯差異。
7.肥料的釋放、吸收特征
科學配方要考慮不同肥料在環境、土壤中的不同釋放曲線和同一作物對不同肥料的吸收效率。養分含量相同的不同肥料可以有不同的肥料釋放和作物吸收曲線，從而構成了不同肥料利用率、利用方式。
8.肥料的產品、增效技術
科學配方要考慮肥料的不同生產技術和增效技術構成的肥料利用率。對肥料增效技術研究表明，施加肥料增效劑能顯著提高作物對養分的吸收量，并且土壤自身肥力也有所提高。可見，在配方施肥中應充分考慮肥料增效劑的功效，施加增效劑與不施用增效劑相比，肥料利用率顯著提高，可以節省相當大一部分肥料，在測土配肥過程中要根據是否加入增效劑來增減肥料用量。另外，不同的肥料生產技術和產品技術也會構成不同的肥料利用效率，有些產品技術有明顯的提高肥料利用率的特點，如，生物調節技術、肥料增效技術、螯合技術、小分子（易吸收）生產技術。
9.氣候的影響因素
溫度、雨量、光照等主要氣候因素可影響作物對養分的吸收和肥料在土壤中的變化、流失及肥效發揮的快慢。溫度升高能促進肥料的分解，光照強弱也直接影響光合作用，水分對養分的吸收也起著至關重要的作用。因此科學配方要考慮環境氣候條件的影響。
10.施肥方法和手段
科學配方要考慮當地的施肥方法和手段。雖肥料相同，但施肥方法、手段不同，肥料利用率也會不同。在推薦施肥中應根據不同的作物不同的肥料選擇不同的施肥方法，不同施肥方法手段構成了不同的肥料利用率，就應采用不同的施肥量（施肥配方）。所以，科學測土配肥應該包括施肥方法和手段的具體內容，而光給出測土數據或是根據配方生產出復合肥推廣應用，其效益就大大減小。
